Karate Okinawa adasında doğmuştur. Çin (özellikle Fujian) kaynaklı kempo tekniklerinin Ryukyu adalarının yerli dövüş stilleriyle kaynaştırılması sonucu Okinawa'nın çeşitli yer isimleriyle adlandırılan (Naha-te, Shuri-te, Tomari-te, vb.), ustadan ustaya önemli farklılıklar gösteren ve toplam bir terim olarak "Karate" (唐手) olarak bilinen savaş sanatları doğmuştur. Karate'nin bu erken dönemine ilişkin en önemli belge Çince yazılmış olan ve 20. yüzyıl başlarına kadar yaygın olarak kullanılan Bubishi (武備志) adlı kitaptır. Geleneksel Okinawa toplumunda Karate pēchin (親雲上) adı verilen samuray sınıfı tarafından öğreniliyordu.

Japon Budo'sunun Karate üzerindeki etkisinin 19. yüzyıla kadar sınırlı olduğu söylenebilir. Ancak 20. yüzyıl başında başta Gichin Funakoshi olmak üzere çeşitli Okinawalı ustaların Japonya'ya yerleşmeleri sonucu Karate Budo ile uyumlulaştırılmaya başlanmıştır. Bu aşamadan itibaren, gendai budō (現代武道) adı verilen modern Japon savaş sanatları ile birlikte gelişimini sürdüren Karate, biçim ve anlayış yönünden Jigoro Kano'nun Jujutsu kökenli Judo'yu yaratmasından önemli ölçüde etkilenmiştir. Yine bu dönemde Karate'nin "boş el" anlamına gelen 空手 biçiminde yazımı yaygınlaşmıştır.

İkinci Dünya Savaşı'na kadar Japonya'da dahi çok bilinen bir dövüş tekniği değildi. Daha sonraları ABD'li işgali sırasında popülerliği artmıştır. Fakat Amerikan ordusu işgal sırasında kendine karşı kullanılma riskinden ürktüğü için bu savaş sanatının bir savunma sporuna çevirilmesini istedi. Bu istek o zaman Karate'nin duyulmasında büyük rol oynayan Funakoshi tarafından karşılandı ve Karate'nin ilk spor versiyonu oluşturuldu. Bu sayede öğrenmesi yıllar alan ve oldukça zor olan sanat tüm dünyada popüler hale gelebilmiştir. Daha sonra öğrencileri tarafından stili, Ustanın şiir yazarken kullandığı mahlası olan Shōtō, yer, okul anlamına gelen Kan ve metod, stil anlamına gelen Ryū kelimelerinin birleşimi olan Shōtōkan-ryū (松濤館流) veya kısaca Shotokan (松濤館) olarak adlandırılmıştır.